Tata kelola Unmul menerapkan prinsip Good University Governance (GUG), dengan struktur organisasi yang jelas serta peraturan internal yang komprehensif. Universitas Mulawarman memiliki struktur organisasi yang jelas, dengan arahan yang berfokus pada efisiensi dan akuntabilitas. Organisasi dipimpin oleh Rektor yang dibantu oleh Wakil Rektor, dekan-dekan LP3M, LP2M, fakultas, kepala unit kerja, serta komponen lain yang berfungsi dalam kerangka GUG. Setiap unit di dalam universitas memiliki tugas, fungsi, dan tanggung jawab yang didefinisikan dengan baik dalam Statuta Unmul, Permenristekdikti, dan Rencana Strategis (Renstra) Unmul 2020–2024. Kepemimpinan di Unmul menerapkan pendekatan partisipatif dan berperan sebagai fasilitator bagi seluruh civitas akademika dalam mencapai target institusi, yang memungkinkan proses pengambilan keputusan yang kolaboratif dan transparan. Sebagai landasan operasional, Unmul menetapkan kebijakan formal seperti Peraturan Rektor dan Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) yang disusun oleh Lembaga Pengembangan Pendidikan dan Penjaminan Mutu (LP3M). Kebijakan ini mencakup berbagai aspek, mulai dari Standar Pendidikan, Standar Penelitian, Standar PkM, Standar Tata Pamong, Standar Kerjasama, hingga Standar Penjaminan Mutu, yang semuanya diarahkan untuk memastikan pemenuhan standar nasional dan internasional. SPMI Unmul berfungsi sebagai pedoman dalam menjalankan tata kelola universitas, menciptakan kerjasama yang efektif, dan menjaga kualitas mutu akademik maupun non-akademik. Standar-standar ini disusun dengan mempertimbangkan peraturan-peraturan yang berlaku di Unmul, termasuk Statuta Unmul, Organisasi dan Tata Kerja (OTK) Unmul, serta regulasi dan kebijakan lainnya yang relevan. Implementasi SPMI melalui siklus PPEPP dilaksanakan oleh seluruh pelaksana Standar SPMI Unmul yang kemudian menjadi capaian indikator kinerja Unmul (SIA Unmul, SIDAK, BKD Unmul, Sister, Sinta Unmul, dan Simkinerja Unmul). Evaluasi Standar Unmul dilakukan melalui evaluasi diri (e_SPMI Unmul), audit mutu internal (AMI), monitoring dan evaluasi kinerja, umpan balik, tracer study, dan tingkat kepuasan pemangku kepentingan. Sistem tata kelola ini bertujuan untuk menjaga akuntabilitas dan efisiensi dalam operasional kampus. Dukungan dari Rencana Strategis (Renstra) 2020-2024 dan Rencana Strategis Bisnis (RSB) Badan Layanan Umum (BLU) memfasilitasi transparansi dalam pengelolaan keuangan dan sumber daya. Unmul telah memperluas kerjasamanya di tingkat nasional dan internasional untuk mendukung kegiatan pendidikan, penelitian, dan pengabdian. Kerjasama ini termasuk dalam sektor lingkungan, pendidikan, dan kesehatan, memperkuat posisi Unmul dalam mewujudkan tridarma perguruan tinggi yang mampu berdaya saing internasional.