Lambang Universitas Mulawarman berupa perisai dengan warna dasar hijau yang melambangkan ilmu pengetahuan. Di dalamnya terdapat jalinan rotan dengan warna kuning menunjukkan persatuan yang terjalin antara berbagai suku dan aliran yang terdapat di Indonesia, dengan perahu yang berwarna hitam putih, melingkari sisi-sisi lingkaran yang membawa guci berwarna putih-cokelat menyatakan akan kewajiban Universitas untuk mengembangkan dan mengamalkan ilmu pengetahuan. Guci itu sendiri, khususnya di pedalaman Kalimantan Timur, adalah tempat menyimpan barang-barang keramat atau untuk menyimpan tulang-belulang nenek moyang.

Guci melambangkan wadah untuk menyimpan ilmu pengetahuan yang harus dikembangkan dan disampaikan kepada putra-putri Indonesia. Perahu tadi berlayar pada tiga garis putih berombak di bawah perahu, karena seperti diketahui, kota Samarinda tempat Universitas Mulawarman berdiri, terletak di pinggir sungai Mahakam. Roda gigi berwarna kuning yang melingkari perahu menunjukkan zaman berada dalam taraf kemajuan teknik yang luar biasa, namun tetap berkepribadian.