Pada tanggal 7 Juni 1962, berdasarkan Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Kalimantan Timur No. 15/PPK/ KDH /1962 maka berdirilah sebuah perguruan tinggi yang berkedudukan di Samarinda dengan nama: Perguruan Tinggi Mulawarman. Kemudian pada tanggal 27 September 1962 ditetapkan sebagai tanggal berdirinya Universitas Mulawarman (UNMUL), berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Ilmu Pengetahuan No. 130 Tahun 1962 tanggal 28 September akan dikukuhkan secara resmi berdasarkan Surat Keputusan Presiden RI. I No. 65 tanggal 23 April 1963. Pada awalnya Universitas Mulawarman memiliki 4 (empat) Fakultas yaitu: Ketatanegaraan dan Ketataniagaan (pada bulan Mei tahun 1966, dirubah menjadi: Fakultas ISIPOL dan Fakultas Ekonomi), Fakultas Pertanian, Fakultas Kehutanan, Fakultas Pertambangan. Berdasarkan Surat Keputusan Presiden RI No. 66 tanggal 7 September 1982 Fakultas-fakultas di universitas mulawarman menjadi 5 (lima) Fakultas, yaitu:

Sejak tahun 2000, Universitas Mulawarman berkembang dengan tambahan Fakultas dan Program Studi baru. Sampai dengan saat ini, berdasarkan Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 26 Tahun 2018 Tentang Perubahan Atas Peraturan Menteri Riset, Teknologi, Dan Pendidikan Tinggi Nomor 9 Tahun 2015 Tentang Organisasi dan Tata Kerja, Universitas Mulawarman memiliki 13 (tiga belas) Fakultas dengan 92 (sembilan puluh dua) Program Studi, Adapun Fakultas yang saat ini ada di Universitas Mulawarman, yaitu:

Akreditasi Universitas
Saat ini Universitas Mulawarman telah mendapatkan Akreditasi dengan Peringkat “A” dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) sesuai dengan Surat Keputusan Nomor:273/SK/BAN-PT/Ak-PPj/PT/VI/2022 Tanggal 14 Juni 2022.